熒光顯微鏡與普通光學顯微鏡不同，它不是通過普通光源的照明觀察標本，而是利用定波長的光(通常是紫外光、藍紫光)激發顯微鏡下標本內的熒光物質，使之發射熒光，所以，熒光顯微鏡的光源所起的作用不是直接照明，而是作為種激發標本的內熒光物質的能源。我們之所以能觀察標本，不是由于光源的照明，而是標本內熒光物質吸收激發的光能后所呈現的熒光現象。由此可知，熒光顯微鏡的特點，主要是它的光源能供給大量特定波長范圍的激發光，使受檢標本內的熒光物質能獲得必要強度的激發光。同時，熒光顯微鏡必須具備相應的濾光鏡系統。熒光顯微鏡是**熒光組織化學的基本工具。它是由超壓光源、濾片系統(包括激發和壓制濾板)、光學系統和攝影系統等主要部件組成，是利用定波長的光激發標本發射熒光。 
1.激發熒光的方式：按光的波長范圍分為UV激發法(使用紫外線照明法)和BV激發法(使用藍紫光)兩種。UV激發法是用短于400nm的近紫外光進行激發。該法不存在可見的激發光，所以被觀察的熒光呈現該染料固有的熒光，容易判別標本上的特異熒光和背景組織的自身熒光。 
2.BV激發法：是以404nm、434nm為中心的由紫外至藍光進行激發。該方法使用藍光照射標本，所以熒光觀察系統的截止濾光片必須使用可*阻斷藍光并可充分通過所需綠、黃熒光的濾光片。用于熒光抗體法的熒光色素。對于激發光的大吸收波長和熒光的大發光波長比較接近，所以BV激發法使用的濾光片必須使用銳截止式濾光片。該法可用藍光作為激發光，所以熒光色素的吸收效率較，可得到較明亮的圖像。其缺點是500nm以下的熒光無法看到，而500nm以上的使整個圖像顯黃色。在熒光抗體法中，大多以熒光色素*的顏色來判斷其特異性，所以在討論微妙的特異性時，上述BV激發法的缺點往往影響大。